הנדסה רפואית עוסקת במגוון נושאים, ומטרתה היא לשפר את האבחון והטיפול הרפואי באמצעות טכנולוגיות חדישות. הנדסה רפואית מספקת מענה לצרכים הדינמיים של התעשייה והאקדמיה בתחומי הרפואה, ומציעה פתרונות טכנולוגיים לצרכים הנובעים ממורכבות רפואית: קבלת מידע מתוך הגוף באמצעים לא פולשניים; מעקב וטיפול רפואי באמצעות שיטות מתקדמות לעיבוד אות ותמונה בזמן אמת; העברת מידע רפואי בשיטות חדשניות כמו רפואה מרחוק (Tele Medicine); הנדסת תאים ורקמות כדי לפתח שתלים יעילים; שיטות ריפוי חדשניות ומחקר רפואי מתקדם.
הלימודים לתואר שני בהנדסה רפואית באפקה נועדו להכשיר מוסמכים מומחים בהנדסה הביו רפואית והביוקנברג'נס, בשילוב לימוד של כלים וטכניקות מתקדמות, הכוללות שימוש של שיטות AI (בינה מלאכותית). התואר נבנה בשיתוף ובהתאם לצרכי התעשייה וההתפתחויות הטכנולוגיות בתחום ובאופן המאפשר שילוב של לימודים ועבודה. הידע הנרכש במהלך התואר השני מאפשר לעסוק בצורה מקצועית וממוקדת בתחומים הנמצאים כיום בליבת ההנדסה הביו רפואית והפיתוח, שהשוק צמא להם ומשקיע בהם משאבים רבים.
הלימודים הינם המשך ישיר ללימודי התואר ראשון ונועדו להכשיר מוסמכים ומוסמכות המומחים באחד משני תחומים: מכניקה של מערכות פיזיולוגיות – התמחות קלאסית בהנדסה רפואית המשלבת היבטים מכניים עם טכנולוגיות ומערכות פיזיולוגיות לצרכים רפואיים, ורפואה דיגיטלית – התמחות ייחודית למכללת אפקה. שתי ההתמחויות משלבות את הידע הרב-תחומי של הסטודנטים והסטודנטיות בהנדסה, בתוכנה (שפות תכנות, עיבוד אותות רפואיים, עיבוד תמונות רפואיות) ובהנדסה קלינית.